После поражения их старейшего врага Шредера, семья черепашек распалась. Кроме борьбы за единство семьи их сенсей Сплинтер обеспокоен еще и тем, что в Нью-Йорке происходит что-то странное. Техноиндустриалист Максимилиан Уинтерс готовит армию древних...

История начинается в ранних 80-х, когда пришельцы с планеты Тайрус пытаются наладить контакт с Землей. Но не все инопланетяне едины в желании мира. Драгит, дядя правителя Кейла-Ооша, пытается за спиной племянника инициировать Вторжение....